Vous avez besoin de trier vos résultats sur une relation Pivot, voici une solution :

$query->select('properties.*')
	->leftJoin('criterion_property', function($q) {
		$q->on('criterion_property.property_id', '=', 'properties.id')
			->where('criterion_property.criterion_id', '=', 9);
	})
	->groupBy('properties.id')
	->orderBy('criterion_property.value', 'desc');